A APMA foi formal e juridicamente fundada no ano de 1990 por dois médicos especialistas de Psiquiatria de carreira militar na tutela do Ministério da Defesa Nacional o Dr. J. Margalho Carrilho e o Dr. José Leitão. No entanto, desde 1980, existiu todo um trabalho de fermentação técnico científica a correr na Marinha Portuguesa, e pioneiro academicamente a nível Universitário Mundial, com a fusão de duas áreas de conhecimento, Medicina - Behaviour Medicine e Farmácia – que incluiu rastreios no meio laboral militar naval ,de consumo e abuso ativo ou recente de substâncias psicoativas recreativas, por análises de urina em meio laboratorial de toxicologia forense ( «GC / MS ») e posteriormente de cotinina e álcool em ar expirado.
Na verdade, em 1980 o Professor Doutor Carlos Silveira (recentemente falecido), farmacêutico militar naval, Catedrático da Faculdade de Farmácia da então Universidade Clássica de Lisboa e que foi membro, em 1975, da Comissão Instaladora do Instituto Nacional de Saúde Ricardo Jorge, bem como Bastonário da Ordem dos Farmacêuticos, decide juntamente com um médico militar naval (psiquiatra) doutorado nos E.U.A. em Psicologia e entusiasta da abordagem americana de Behaviour Medicine, Professor Doutor Orlindo Gouveia Pereira (jubilado, Faculdade de Psicologia e Ciências da Educação - Universidade de Lisboa; ISPA - Instituto Superior de Psicologia Aplicada e Comportamento Organizacional da Faculdade de Economia da Universidade Nova de Lisboa) fundarem um E.A.P. (Employee Assistance Program) sustentado na deteção precoce com os referidos rastreios, pioneiros a nível mundial em meio laboral de segurança em profissões de risco elevado (Projeto VENCER).
Em 1985 por causa da necessidade de formação profissional em Behaviour Medicine - Medicina da Adição é enviado por estes dois académicos para estudar em N.A.S. Miramar, junto a San Diego, na U.S.Navy o Dr. J. Margalho Carrilho, de que resulta depois a publicação pioneira pelo mesmo do seu primeiro livro divulgando um modelo Minnesota, incentivado pelo Professor Doutor João Barreto de Psicologia Médica da Faculdade de Medicina do Porto.
Nesse mesmo ano de 1987 o Dr. J. Margalho Carrilho, devido a um projeto sobre epidemiologia de drogas recreativas, a decorrer na Cruz Vermelha Portuguesa (Ministério Defesa Nacional ), gerido cientificamente pelo Professor Doutor Pereira Miguel, jubilado , Catedrático de Medicina Preventiva e Saúde Pública da Faculdade de Medicina de Lisboa ,desloca-se o Dr. J. Margalho Carrilho acompanhado pelo então Presidente da Cruz Vermelha Portuguesa Dr. Gonzaga Ribeiro e o Presidente dos Alcoólicos Anónimos de Portugal Jorge Lagido, a Filadélfia - E.U.A. para uma reunião técnico-científica da então American Society of Alcoholism and other drug dependencies, atual ASAM - American Society of Addiction Medicine - American Medical Association. É neste encontro que o Dr. J. Margalho Carrilho após expor publicamente o «Projeto VENCER» da Marinha Portuguesa, pelo seu pioneirismo mundial (nos E.U.A. a U.S.Navy só começara rastreios em 1981 e no meio laboral civil em empresas fornecedoras da Administração Pública como a NASA e similares em 1986 ) é de imediato convidado a ser o segundo membro português da futura ASAM.
